Nato a Venezia il 12 gennaio 1876 dal pittore tedesco August Wolf e dalla veneziana Emilia Ferrari, già da ragazzino Ermanno Wolf-Ferrari fu avviato dal padre alla pittura e incoraggiato nel contempo a coltivare lo studio della musica.

Nei suoi primi anni di vita il binomio pittura-musica segnò di fatto profondamente la sua evoluzione artistica: alle lezioni di pianoforte con il fotografo L. Brusa, seguì nel 1891 l'invito a Roma per frequentare l'Accademia di Belle Arti, si perfezionò poi alla scuola Holosy di Monaco ed infine, dal 1892 al 1895, frequentò l'Akademie der Tonkunst, studiando per circa un triennio contrappunto con J. Rheinberger e direzione d'orchestra con L. Abel.

Una volta tornato a Venezia si dedicò alla stesura del libretto e della musica dell'opera "Irene" (1895-96), che però non fu mai rappresentata.

Per il giovane Wolf-Ferrari questi furono anni di grande sofferenza e confusione per l'incapacità di riconoscere la propria identità artistica, e ciò non tanto per gli studi paralleli di musica e pittura, quanto per la compresenza nella sua persona di due culture, quella italiana e quella tedesca.

Nel 1897 si trasferì a Milano, chiamato a dirigere una società corale tedesca, e qui ebbe l'occasione di conoscere personaggi come Giulio Ricordi, Arrigo Boito e Lorenzo Perosi.

Quando nel 1899 venne eseguito a Venezia il suo oratorio, "La Sulamita", composto sul testo del Cantico dei Cantici, il suo nome iniziò finalmente a circolare nel mondo della musica.

In realtà però già l'anno seguente alla Fenice si dovette assistere alla sfortunata rappresentazione di "Cenerentola", la sua seconda opera.

A questo fiasco seguì un importante periodo di raccoglimento a Monaco, durante il quale Wolf-Ferrari sottopose l'opera a una profonda revisione: riproposta nel 1902 al teatro di Brema, "Cenerentola" riscosse finalmente un discreto successo.

Questo periodo di riflessione portò inoltre il giovane a riconoscere i due maestri che lo guidarono poi nella sua attività di compositore: Goldoni, il cantore della sua amata Venezia, e Mozart, per lui l'emblema dello "Zeitloses", dell'essere fuori della dimensione tempo.

Sempre a Monaco compose e fece rappresentare nel 1903 la cantica "La vita nuova", da Dante, che ottenne larghi consensi, poi rinnovati dalla sua prima opera goldoniana "Le donne curiose".

Nello stesso anno fu chiamato a dirigere il Liceo Musicale B. Marcello di Venezia, incarico che mantenne fino al 1909. 

Dopo una visita negli Stati Uniti negli anni 1911-12, fece rientro in Italia per dedicarsi interamente alla composizione. 

Da lì a breve però lo scoppio della Prima Guerra Mondiale lo colpì profondamente, dati i suoi legami spirituali sia con l'Italia che con la Germania, trascinandolo in una crisi che lo costrinse a un lungo periodo di inattività e che lo ridusse al silenzio per 10 anni.

Il ritorno al pubblico fu tentato con l'accostamento tardivo all'opera verista di "I gioielli della Madonna", che rappresenta soltanto una parentesi nel percorso artistico di Wolf-Ferrari. 

In realtà il compositore è ricordato principalmente per il suo teatro comico, carico di una funzione etica: la sua comicità, piuttosto malinconica e bonaria che ironica e mordente, è tesa al raggiungimento di un'olimpica armonia dell'assoluto, armonia che nel Novecento veniva intesa come ideale estetico in cui anche il pubblico poteva rifugiarsi. 

Il desiderio di Wolf-Ferrari era infatti soltanto quello di trasmettere il suo messaggio al maggior numero possibile di spettatori: per questo si teneva lontano dalle dispute dottrinarie e si dedicava esclusivamente alla sua ricerca dell'assoluto.

Anche se tedesco per parte paterna, egli può a pieno diritto essere ritenuto musicista italiano, e più precisamente veneziano; il pubblico infatti ha sempre considerato Wolf-Ferrari come il musicista goldoniano per antonomasia, privilegiando le sue opere tratte da Goldoni con spirito di assoluta fedeltà: "Le donne curiose", "I rusteghi", "Il Campiello" hanno tenuto a lungo il cartellone ben dopo la sua morte.

Musicista colto e raffinato, del tutto estraneo sia alle suggestioni del teatro verista sia alla problematica delle avanguardie europee, è evidente come Wolf-Ferrari abbia ottenuto i risultati migliori nelle opere goldoniane, anche se in realtà soltanto cinque opere sono tratte in senso stretto delle commedie di Goldoni: "Le donne curiose", "I quatro rusteghi", "Gli amanti sposi", "La vedova scaltra", "Il Campiello". 

Anche il fortunatissimo "Il segreto di Susanna", scritto dal librettista napoletano Enrico Golisciani, è d'impronta goldoniana, e non molto dissimile è il molieriano "L'amore medico". 

Due opere su libretto di Giovacchino Forzano si rifanno palesemente all'opera settecentesca riproponendo persino il doppio titolo in uso in quel secolo: "La gabbia dorata, ovvero Il Legame d'amore della marchesa" e "Sly, ovvero La leggenda del dormiente risvegliato".

Nominato nel 1939 professore di composizione al Mozarteum di Salisburgo, vi rimase per qualche anno per poi passare a Zurigo e, nel 1947, rientrare definitivamente a Venezia, dove si spense il 21 gennaio dell'anno successivo.